方舟手游中包含了许多有趣的彩蛋，以下是一些主要的彩蛋：
复活节彩蛋
玩家需要在游戏中收集复活节兔子蛋，这个兔子蛋可以喷涂颜料或者使用其他特殊方式打造成兔子主题的道具，比如兔耳甚至兔子装饰的巨型袋鼠。活动期间，兔子装饰的渡渡霸王龙也会再度回归游戏中。
塞壬唱片OST彩蛋
在《明日方舟》的危机合约黄铁·利刃·燃灰OST中，塞壬唱片的官网和网易云音乐上隐藏了一个有趣的彩蛋。玩家需要将塞壬唱片的图调亮，才能发现右边区域和某些图片中的隐藏信息。
猫王彩蛋
游戏中有一个被称为“猫王”的彩蛋，需要玩家在特定时间、特定地点、特定操作下才能发现。这个彩蛋被称为游戏中最难以发现的彩蛋之一。
寒冬号彩蛋
“寒冬号”是游戏中的一种隐藏彩蛋，与游戏主线剧情无关。它向玩家展示了游戏世界更加丰富的背景故事。
龙门绿洲彩蛋
“龙门绿洲”是游戏中的一处景点，隐藏着一个隐藏彩蛋。这个彩蛋向玩家传达了一个重要的启示，即保护环境、爱护自然是每个人的责任。
十年之约彩蛋
“十年之约”彩蛋是《明日方舟》一周年庆典时推出的一种隐藏彩蛋。这个彩蛋的意义在于纪念游戏的一周年，同时也是对忠实玩家的回馈。
霜叶彩蛋
“霜叶”是游戏中的一名角色，也是隐藏彩蛋之一。当玩家完成一定任务后，就能解锁这个隐藏角色。
真相彩蛋
“真相”是游戏中的一种隐藏彩蛋，需要玩家完成一定任务后才能触发。
愚人节彩蛋
在愚人节活动中，游戏官方使用外链答题的形式，让一位传言中的干员悄悄登场。玩家通过答题可以获取一串特殊的字母，进一步探索会发现这是一个网址，点进去后可以获得官方准备的断罪者的兑换密令。
圣诞彩蛋
在《方舟生存进化》手游中，圣诞彩蛋会在游戏夜晚的6点到凌晨5点期间随机刷新在地图中。玩家拾取的彩蛋可以开出包括材料、印痕道具、毒药箭、琥珀等70多种道具中的任意一种，幸运玩家还可以开出对应的复活节彩蛋帽皮肤。
这些彩蛋不仅丰富了游戏的内容，也为玩家提供了更多的探索乐趣和游戏内的隐藏故事。建议玩家在玩游戏时留意这些彩蛋，体验更多有趣的内容。