《逆水寒手游》的故事背景设定在北宋时期，主要围绕着两把传奇宝剑——“逆水寒”及其持有者展开。剧情从连云寨首领戚少商和卖艺少年顾惜朝两个角色的视角展开。戚少商因救助李陵老人而获得逆水寒宝剑，而顾惜朝为获得傅晚晴父亲的认可，踏上了寻找逆水寒宝剑的征途。两人在寻找宝剑的过程中相遇，起初戚少商将顾惜朝视为兄弟，但在结拜时顾惜朝却出手击伤他，导致连云寨兄弟死伤惨重，戚少商艰难逃出，两人宿命对决由此展开。
游戏剧情不仅包含戚少商和顾惜朝的主线故事，还涉及其他角色和势力，如天刀门、武当派、峨眉派、锦衣卫和逍遥山庄等五大势力，以及神秘的江湖生物和神器等元素。此外，游戏中还有与历史长河中的文人墨客相遇的情节，如北宋文豪苏轼以“孤山老人”的身份出现，为游戏文化叙事增添了亮点。
整体来看，《逆水寒手游》的故事情节丰富多样，融合了武侠、冒险、悬疑和情感纠葛等元素，为玩家呈现了一个充满江湖气息的武侠世界。