4399手游通卡顿的原因可能有以下几点：
虚拟机（VT）未开启：
部分机型在未开启VT的情况下会卡在99%，需要确保VT已正确开启。
防火墙或安全软件干扰：
部分安全软件可能会在后台拦截部分安装或运行，导致4399手游通无法正常启动或运行。关闭防火墙和安全软件可以尝试解决问题。
C盘空间不足：
确保C盘空间至少为1GB，空间过小可能导致文件无法正确释放，从而影响安装和运行。
网络问题：
网络流量卡也可能是导致卡顿的原因之一，确保网络连接稳定。
电脑配置不足：
如果电脑配置较低，可能无法流畅运行大型游戏或应用，导致卡顿。此时，可以尝试关闭一些不必要的后台程序，释放更多资源给4399手游通。
浏览器缓存过多：
浏览器缓存过多也可能导致卡顿，清除浏览器缓存可以尝试解决问题。
电脑垃圾过多：
电脑中积累的垃圾文件过多也会影响性能，可以使用电脑管家等工具进行清理。
根据以上原因，可以逐一排查并尝试解决问题。如果问题依然存在，建议考虑升级电脑配置或更换其他网络环境。