手游《英雄联盟》与端游《英雄联盟》不互通的主要原因包括：
游戏版本更新不同步：
端游《英雄联盟》已经运营了很长时间，拥有大量的老玩家和丰富的游戏数据，而手游版本则是近期才上线的，两者的游戏内容并不完全相同。如果将两个版本的数据进行互通，对于新玩家来说显然是不公平的，因为他们的进度会比那些已经在端游中积累了大量经验的老玩家落后很多。
技术难度：
数据互通需要一定的技术支持，并不是所有的游戏都能够实现这一点。由于手游和端游在游戏玩法、节奏和操作方式等方面存在差异，因此要将两者的数据进行互通存在较大的技术难度。
保持游戏公平性：
如果允许手游和端游的数据互通，可能会导致老玩家和新玩家之间的游戏体验差距过大，从而影响游戏的公平性。为了保持游戏的平衡性和公平性，官方通常不会让这两个版本的数据互通。
新玩家体验：
手游的推出势必会带来大量新玩家，如果老玩家能够同步端游的英雄和皮肤，那么对于新玩家而言显然是不公平的。因此，从游戏设计的角度来看，手游和端游的数据不互通也是合理的。
综上所述，手游《英雄联盟》与端游《英雄联盟》不互通主要是由于游戏版本更新不同步、技术难度以及保持游戏公平性等多方面的考虑。